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目标：学术研究＋人才培训＋工厂制造与行销＝ （业界）竞争力
加入最具全面性与实力的国立虎尾科技大学生物科技系，将会是业界需求的人才，层面可包括生技产品研发、制造与产程及行销管理
本校地处于云林县虎尾镇，为云嘉南地区非常重要的农业产地，为使本区之传统产业得以提升，并提高农作物产值之效益，本系之研究方向，将着重于具有区域性特色及竞争力之「生物技术之应用研究」为发展主轴，主要发展主轴可区分成三大部份，即(1)生技检测技术开发、(2)保健食品研发、(3)农业生技应用，兹分别说明如下：
生技检测技术开发
1.微流体芯片之开发：
微流体系统乃将常见的化学分析功能整合于一小小的芯片上，微流体系统之功能可应用于生化药物分析、药物筛选、与医疗临床诊断等领域。
2.检验分析技开发：
主要针对农产品、食品、水产、营养保健品....等品质及污染物快速分析与检测控制之技术开发，以确保相关物品之安全管控；并训练学生相关检验技术。
3.污染物预测及健康风险评估模式开发：
针对环境或农产品中可能残留之污染物进行相关影响因子数据库之建立，并进行模式预测值与实际值之比较，以作为未来风险评估之基础，预先为环境及农产品之安全把关。
保健食品研发
1.药物开发与纯化之研究：
药物是现代医学治疗疾病维系健康不可或缺的要素，世界各国无不致力于新药的研究与开发，所以药物开发与纯化在生物科技中扮演重要的角色，本系之研发重点在于了解药物的结构、特性与药物释放机制，并致力于纯化方法的建立。
2.保健及机能性食品开发：
保健食品及机能性食品为「预防医学」的重要环节，而植物与微生物中含有许多保健成份，而利用生物科技研发具有「确效性」之保健食品为重要的研究重点。本系研究重点在于红麴菌、纳豆菌、芝麻、薏仁、仙人掌果、芦荟及中草药等一次及二次代谢物于保健及机能性食品的开发、蜜蜂相关产品研发及蜂王浆有用蛋白质开发及应用。
3.中草药之开发与应用：
云林地区为台湾重要中草药植物培育地区，在本县虎尾镇、古坑乡及东势乡都有大面积的中草药植物栽培，亦有多家中草药厂商在本县建立基源植物培育场，而本系现有师资在苎麻、长叶枸杞及板蓝根亦与厂商有产学合作相关规划，为未来研发重点之ㄧ。
4. 免疫功能检测技术之开发：
主要探讨先天性免疫反应在过敏疾病致敏过程中所扮演的角色及建立并开发天然物抗过敏功能检测之体内外平台。
农业生技应用
1. 生物可分解材料之开发与应用：
为达绿色环保农业之发展，本系将研发微生物生产之聚酯类物质polyhydroxy-alkaonate (PHA)与几丁质或植物纤维素混合所形成生物分解性之塑胶，以取代目前常用于作物育苗与植物栽培之石化塑胶原料之使用及水溶性高分子农药包埋技术。
2.植物有用基因之开发与应用：
本系未来研究主轴，将着眼于台湾特有之榕属植物「爱玉」，其果实胞外酵素，具有产业应用价值，此类酵素能利用于食品工业，抗菌及农业用途。另一主要研究为云林地区大宗农产品「凤梨」，凤梨的茎及果实内含有许多酵素、功能性之蛋白质及植物二次代谢物，为本系植物有用基因研究之重点特色，又能结合区域性产业之特色。
3.分子育种与栽培研究：
云林县为台湾文心兰及蝴蝶兰重要产区，本系研发与应用的重点在于开发蝴蝶兰分生苗变异控制技术、健康无病毒种苗、新品种培育、文心兰花期调节及抗病新品种之育种等，期望本系设立能为云林地区花卉产业发展作出具体贡献。
4.微生物之应用与开发：
中部地区为台湾农业重镇，素有蔬果中心之称。如何配合有机产业、优质农产品产业、中草药植物培育政策与维护国民吃的健康问题等，已是各国列为优先发展之政策；因此本系未来亦将研发微生物在此领域之应用，如微生物性药剂（生物农药）与环境复育或保护制剂；以利未来生物农药产业与环境保护产业人才之需求。除此之外，本系也积极发展天然生物制剂，未来将以这些生物制剂取代农药、生长激素及抗生素等药物使用，创造一安全无毒的优质农业产业。
5.植物与微生物交互作用研究：
有益微生物（生物肥料）能有效促进作物生长及增收，为探讨有益微生物在分子层次上如何与植物进行交互作用，因此本系将以水稻及玉米为材料以生化检测及遗传突变库分析有益微生物与作物交互作用之机转，以利于更进一步了解不同植物蛋白质所扮演之角色。
